28.07.2006 tarihli Bilgi Toplumu Stratejisi ve Eylem Planında yer alan; Merkezi Tüzel Kişilik Bilgi Sistemi ve Çevrimiçi Şirket İşlemleri Projeleri 08.10.2010 tarihinde birleştirilerek Merkezi Sicil Kayıt Sistemi (MERSİS) adını almıştır.
19.04.2010’da MTK Mersin Ticaret Sicili Müdürlüğü’nde pilot olarak uygulamaya başlanmıştır.
Eski kayıtların Sisteme aktarılması ve uygulamanın yaygınlaştırılması çalışmaları sonucunda 01.01.2015 tarihi itibariyle Sistem 238 ticaret sicili müdürlüğünde kullanılmaya başlanmıştır.
Mevzuatta meydana gelen temel değişikliklere bağlı olarak yazılımda ortaya çıkan ihtiyaçların karşılanması amacıyla yazılım ve teknolojik altyapı yenilenmiş ve uygulamanın yeni versiyonu 06.03.2017 tarihinde devreye alınmıştır.
Merkezi Sicil Kayıt Sistemi (MERSİS) iki temel fonksiyonu sağlamak amacıyla tasarlanmış merkezi bir bilgi sistemidir. Bu fonksiyonlardan ilki, şirket ile ticari işletmelerin kayıt, değişiklik ve terkin işlemlerinin elektronik ortamda yürütülmesi ve ticaret sicili kayıtları ile tescil ve ilan edilmesi gereken içeriklerin düzenli olarak depolanarak elektronik ortamda sunulmasıdır. İkinci temel fonksiyonu ise tüm tüzel kişilikler ve diğer ekonomik birimlerin (tacir, serbest meslek erbabı, meslek örgütleri, dernek, vakıf, sendikalar, odalar, birlikler ve bunların üst kuruluşları, kamu kurum ve kuruluşları) tekil numara ile bir sistemde birleştirilerek kamu kurumlarının tüzel kişiliklerle ilgili ihtiyacı olan bilgilerin tek noktadan sağlanmasıdır.
MERSİS ülkemizdeki e-dönüşüm sürecinin en önemli projelerinden olup, kamunun elektronik hizmetleri için tasarlanan dört temel veri tabanından (Merkezi Nüfus İdaresi Sistemi (MERNİS), Ulusal Adres Veri Tabanı (UAVT), Tapu ve Kadastro Bilgi Sistemi (TAKBİS) ve Merkezi Sicil Kayıt Sistemi (MERSİS)) birisidir.